根据职责，市委机构编制委员会办公室设5个内设机构：
一、综合科
协助市委编办领导负责机关日常管理的组织、协调工作；承担起草综合性文件；承担市委编委办公会、市委编办办公会等会议的会务工作并督促会议各项决定的落实；承担拟订全市机构编制的工作计划和工作总结；负责市委编办党群及人事工作；承担人大代表建议、政协委员提案办理的协调工作；负责全市机构编制宣传、信息交流、调查研究和干部培训工作；承担市委编办的文电处理、保密、档案和综合治理工作；承担市委编办机关的财务、资产、后勤管理工作，拟订内部管理的各项规章制度并组织落实。承办上级交办的其他工作。
二、行政编制科
负责拟订全市行政管理体制改革和市级党政群机关机构改革方案；负责拟订全市各级党政群机关机构编制管理的制度、办法和措施；负责拟订市级机关各部门和区（开发区）、街道的行政编制（含政法专项编制）总额分配方案；负责审核全市各级机关各部门、派出机构的职能配置、内设机构、人员编制、领导职数；负责审核全市各级临时机构的设置；按机构编制的有关规定和工作程序承办各级机关人员编制调整的审核和报批手续；会同财政部门实施市级机关人员编制与财政经费的同步管理，指导、协调和监督管理区（开发区）、乡（镇）、街道机关人员编制与财政经费的同步管理工作；负责联系实行双重领导、以上级业务部门管理为主的部门的机构编制工作；负责全市各级党政群机关人员编制实名制工作；负责权责清单制度建设。
三、事业编制科
负责拟订全市事业单位管理体制改革和分类改革、机构改革总体方案；负责拟订和贯彻执行事业单位机构编制管理的政策、规定和办法；负责审核全市各级各类事业单位的机构设置、人员编制、领导职数、人员结构和经费管理形式；负责审核全市副县级以下事业单位机构设置、职责配置和领导职数配备；负责拟订全市各类事业单位编制标准和实施细则；按机构编制的有关规定和工作程序承办事业单位人员编制调整的审核和报批手续；指导建立农村公益性事业新机制；对拟参照公务员法管理的事业单位提出审核意见；会同财政部门实施事业单位人员编制与财政经费的同步管理，指导、协调和监督检查区（开发区）、乡（镇）、街道所属事业单位人员编制与财政经费的同步管理工作；负责联系实行双重领导、以上级业务部门管理为主的事业单位的机构编制工作；负责全市事业单位人员编制实名制工作。
四、监督检查科（市委编委督查室）
负责监督检查全市执行机构编制方针、政策和法律法规的情况，上级批准的重大改革方案的实施情况，机构限额和领导职数配备的执行情况和机构编制管理情况；参与全市目标责任制检查考核，负责机构编制管理考核工作；对有关机构编制工作的群众来信来访、网上投诉和“12310”举报电话进行受理、督办或调查核实，对相关违法违纪案件提出处理意见或建议；研究建立完善机构编制管理与财政预算管理相互配套的协调约束机制和监督机制；负责指导、协调全市“政务”、“公益”专用中文域名注册使用情况；负责管理、更新、维护市级编制政务公开网站，指导、监督区（开发区）编制政务公开工作；承担全市机构编制统计年报工作。
五、事业单位登记管理科（市事业单位登记管理局）
贯彻落实国务院《事业单位登记管理暂行条例》和《湖北省事业单位登记管理办法》，并负责组织监督和实施；负责对市直党政群机关及葛店开发区、鄂州经济开发区、街道办事处举办的事业单位进行登记（备案）；负责对其它组织利用国有资产的事业单位登记（备案）工作；负责事业单位登记（备案）年检工作；负责发布事业单位设立登记、变更登记、注销登记公告；指导和协调各区事业单位登记管理工作。
